Na het besluit van de vereniging in 1892 van de Afgescheiden gemeenten (sinds 1869 Christelijke Gereformeerde Kerk genoemd) en de Dolerende Kerken (officieel Nederduitsche Gereformeerde Kerken genaamd), heeft het in Bunschoten-Spakenburg nog bijna 40 jaar geduurd voordat de plaatselijke ineensmelting plaatsvond.
In 1931 was daardoor de gehele gemeente Bunschoten, Spakenburg en Eemdijk één kerk. De Gereformeerde Kerk te Spakenburg genaamd.
Deze inéénsmelting heeft in Bunschoten-Spakenburg dus maar 13 jaar geduurd tot de vrijmaking in 1944 die voor 85% bestond uit de kerken A van de vereniging en voor 15% uit B. Dus bijna weer dezelfde scheiding als voor die tijd.
In Bunschoten was er de Zuiderkerk die in 1814 gebouwd is. Na de doleantie in 1886 werd er een kerk bijgebouwd om de gesplitste gemeente te herbergen, het huidige kostverloren.
In Spakenburg was er de Noorderkerk, dit was de kerk uit de afscheiding en is in 1878 op de huidige plek als nieuwe kerk gebouwd.

In 1933 is het kerkgebouw met de logische naam de Westerkerk in Eemdijk gebouwd. Tot die tijd moesten de Eemdijkers tweemaal per zondag te voet door de weilanden of met paard en wagen over de Westdijk ter kerke gaan in Bunschoten of in Spakenburg.
De Gereformeerde Kerk had dus drie kerkgebouwen: in Spakenburg de Noorderkerk, in Bunschoten de Zuiderkerk en aan de Eemdijk de Westerkerk. Er waren toen twee predikanten. Ds.P.de Jong woonde in Spakenburg en Ds. M.Post woonde in Bunschoten. Aan de Eemdijk hield men 's morgens leesdienst en 's middags preekte ds. Post en ds. de Jong om beurten. Vanwege het grote aantal zielen is toen besloten tot een splitsing in 3 gemeentes.
En zo is in 1941 de kerk in Eemdijk zelfstandig geworden en kreeg een eigen kerkenraad. Het ledental is toen vastgesteld op 271 zielen. Een van de eerste zaken van de kerkenraad was het beroepen van kandidaat A.I.Krijtenburg.
Een pastorie was er in 1941 nog niet zodat dominee bij broeder R.Beukers in ging wonen en na ongeveer twee jaar in de toen gebouwde noodpastorie.
In 1946 is ds. Zijlstra beroepen die ook nog met z’n kinderen in “het keetje” woonden. Pas in 1949 konden zij in de nieuw gebouwde huidige pastorie gaan wonen.


Tot 1960 stond er een harmonium voor de zangbegeleiding. In 1960 kwam er een orgel van B.Pels. En in 1989 werd besloten een nieuw orgel te laten bouwen en daarmee het inmiddels oude orgel van B.Pels te vervangen. Het nieuwe instrument (Hendriksen & Reitsma, opus 35) bevat nog vier stemmen uit het oude orgel.
Op 31 januari 1991 is het in gebruik genomen met een bespeling door Harm Hoeve te Rouveen.
In 1992 is het kerkgebouw grondig gerenoveerd en uitgebreid. Hierbij is de voorzijde 3 meter verlengd met een geheel nieuwe voorgevel. Er is binnen ook een grotere galerij gebouwd boven dit nieuwe gedeelte. Op 14 juli 1993 is de gerenoveerde kerk weer in gebruik genomen.

In 2004 zijn de bijgebouwen met een groter oppervlak, volledig herbouwd met behulp van veel vrijwilligers uit de gemeente.